Il clima dell'isola è influenzato, oltre che dalla latitudine e dalla posizione geografica, dalla morfologia e dalla presenza del mare che svolge una notevole azione mitigatrice.
La mitezza del clima risulta sia dall'analisi della temperatura media invernale (la minima è di circa 10°C in gennaio) che da quella estiva (la massima è di circa 24°C ad agosto). La media annuale della temperatura è intorno ai 17°C. Le temperature più alte si registrano nel mese di luglio con 30°C e le minime in gennaio intorno agli 8°C.
Solo eccezionalmente la temperatura scende al di sotto degli 0°C. Le giornate estive sono molto soleggiate e nei mesi più caldi, da giugno a agosto, si ha una media giornaliera di oltre 10 ore di sole.

Durante questo periodo la crescita della maggior parte delle piante subisce un arresto per poi riprendere verso ottobre con la caduta delle prime piogge. Alcune specie fioriscono in autunno, altre all'inizio dell'inverno, altre ancora non interrompono la loro crescita, nemmeno durante i freddi mesi invernali.
L'inizio della primavera corrisponde al periodo della fioritura della maggioranza delle piante perenni dell'isola. In particolare, verso la fine di aprile, le fioriture sono particolarmente abbondanti in quanto alle specie perenni si aggiungono anche le annue che in giugno avranno già terminato il loro ciclo vitale e provveduto in gran parte alla dispersine dei semi.
Le poche piante che possono essere rinvenute in fiore durante i mesi caldi appartengono quasi tutte alla famiglie delle Composite e delle Labiate.

Ma ritornando ai fattori climatici, in aggiunta alla temperatura anche il vento esercita una forte azione modificatrice: sulle rocce, sulla vegetazione e sull'ambiente in generale. Il forte vento contribuisce inoltre alla disseminazione di specie vegetali e costituisce, in un arcipelago come quello toscano, un agente di omogeneizzazione vegetale.
Non è da escludere che gli impetuosi venti di libeccio (sud-ovest) abbiano in qualche modo favorito nel passato la colonizzazione dell'Isola d'Elba da parte di piante "corso-sarde".
A parte l'alternarsi delle brezze in condizioni meteorologiche buone, il regime dei venti sull'Isola è molto variabile. In inverno dominano i venti del II e III quadrante: Libeccio, Scirocco e Ponente; in estate i venti del I e IV quadrante: Grecale, Maestrale e Tramontana. I venti invernali creano talora delle condizioni proibitive di mare agitato e pioggia, mentre in estate i venti freschi e deboli sono portatori di buon tempo e solo eccezionalmente rendono il mare grosso.
La quantità ed il regime delle precipitazioni è chiaramente legato al carattere prettamente mediterraneo dell'Isola d'Elba. La pioggia cade infatti prevalentemente durane i mesi tra ottobre ed aprile.

In primavera la piovosità decresce con una certa gradualità scendendo a maggio a valori al di sotto dei 50 mm mensili.
Tra maggio e giugno si ha solitamente un salto piuttosto brusco. I mesi di giugno, luglio e agosto sono comunque i più secchi, con rare precipitazioni sempre inferiori ai 20 mm. In autunno si ha una ripresa delle precipitazioni che tendono a diminuire nel periodo invernale.
Quanto all'andamento delle precipitazioni esse sono esclusivamente a carattere pluviale. Tuttavia, negli inverni più freddi e sulle quote più alte del massiccio del Monte Capanne, può comparire la neve. La nebbia è rara.
Si possono comunque manifestare foschie mattutine che si dissolvono rapidamente ai primi raggi di sole.
I venti sciroccali possono dare luogo a foschie più dense.
Questo è il clima dell'Isola d'Elba, un complesso di fattori che condizionano, come detto, le comunità vegetali e di conseguenza quelle animali residenti e che dal punto di vista turistico garantisce cielo limpido e sereno per la maggior parte dell'anno.